fMRI analysis software

哪一個fMRI分析軟體最好用？

目前常見的fMRI分析軟體有：University College of London的SPM、Oxford University的FSL、Minnesota University的Stimulate、NIH的AFNI等免費軟體，以及要付費的BrainVoyager、MEDx等。

SPM很多人在用，隱約也成為一個標準。SPM火紅的主要原因是研發團隊不斷推陳出新，領先群倫發展新的分析工具（如VBM、PPI等），且每隔三年就會有新的一代推出，把他們發表在journal上最新的方法放進去，加上是免費下載，因此總有大批追隨著。受歡迎的另一個理由是，就算你不懂背後的演算法及統計，照著步驟按按鈕，同樣可以分析data。可是SPM最為人詬病的也是它像個黑盒子，沒多少人完全搞懂背後的統計，此外，它所有的coregistration, segmentation等都要靠template才行，沒辦法直接用來處理動物的data。此外，仰賴Matlab的它執行速度奇慢無比，跑起大量data常給你out of memory的錯誤，雖有善心人士提供加速的辦法（參見Cambridge的CBU提供的Intel Pentium4 tuning方法），但提升還是有限。

FSL是個人認為比SPM更好選擇，它除了SPM本身有的功能外，還提供Brain Extraction、DTI analysis、perfusion fMRI處理等工具，還能跟能做cortex flattening的FreeSurfer結合，把activation顯示在攤平的皮質上。由於處理工具設計上不需要仰賴template，所以也可適用於動物的data，像registration還提供多種model選擇（如mutual information）。顯示data時也比SPM更有彈性，容易觀察activation在3D的分佈，也能輕易顯示ROI time course。執行速度上，由於它是由原始碼compile好的獨立軟體，執行起來相當快，也支援幾乎所有從Windows, Linux到Mac OS X等平台。

Stimulate是個設計相對簡單的軟體，只有單純的correlation analysis及t-test，沒有其它的registration, segmentation, coregistration或normalization等，但用來初步檢查data倒是很方便，可惜只出Linux跟SGI版本，且已經不再更新。

AFNI是另一個功能繁複、強大的軟體，可是軟體介面設計極差，光載入data就要花一堂課來學，在此不建議使用。

BrainVoyager是個設計良好且功能完整的軟體，還包括了整合TMS跟cortex flattening等功能。缺點是很貴，且似乎軟體有bug，據說蠻容易當掉的。

MEDx是最早推出的commercial軟體，主要是針對醫療市場，所以還包括了分析dynamic contrast enhanced MRI、diffusion MRI等功能，在fMRI分析方面則是整合了SPM跟FSL，所以也算完整。

最後，還有一個軟體不得不提，那就是鼎鼎有名的FACT（啥？沒聽過？！），這是由在下負責開發的軟體，原來放的下載網頁已經掛掉了（可能是下載的人太多吧--幻想中），所以要用的話請直接向小弟索取囉。
後記：FACT網頁已經恢復，請大家盡情下載。